Cet article présente des outils web qui offrent une approche dynamique, globale et scientifique de l’étude de la classification phylogénétique.

Professeures

Christelle CHEVREUX, au Collège Germaine Tillion, Lardy (91)
Annabelle MIGNOT, au Collège Le Roussay , Etrechy (91)

MOTIVATION

Le nombre important d’espèces ne permet pas de travailler sur l’intégralité de l’arbre du vivant à partir d’un seul document ou d’une seul image. L’outil numérique revêt l’intérêt de pouvoir avoir une approche globale mais également précise sur un groupe d’espèces ou une espèce à étudier. Cela permet un travail interactif et adaptable selon les espèces choisies par l’enseignant, reposant parfois sur l’observation préalable des spécimens du laboratoire de l’établissement d’enseignement. Ainsi, les outils web présentés ici apportent une approche dynamique, globale et scientifique de l’étude de la classification phylogénétique.

Savoir-faire ; Compétences	Pratiquer des démarches scientifiques, Pratiquer des langages, Utiliser des outils numériques
Compétences transversales	D.1.1 Que le vocabulaire spécialisé soit réinvesti à bon escient D1.3 Passer d’un registre de représentation à un autre

Cadre de référence des compétences numériques (CRCN)
	S’insérer dans le monde numérique
	Évoluer dans un environnement numérique
	Mener une recherche et une veille d’information
	Protéger la santé, le bien-être et l’environnement

Outils numériques comparés

Trois logiciels en ligne
Lifemap	Lifegate	Onezoom

Ces logiciels en ligne permettent de travailler sur les liens de parenté : les grands groupes d’espèces sont visibles, et reliés entre eux (par groupes emboîtés et/ou arbre phylogénétique) ; des informations sur les groupes sont apportées via des liens vers les pages wikipedia correspondantes (pour Lifemap et Onezoom).
Ils regroupent les données de milliers d’espèces, sous la forme d’une classification phylogénétique.
Ces trois outils web sont accessibles sur tous les navigateurs, ne nécessitent aucune installation et sont gratuits.
Ces sites sont en Anglais mais les extensions des navigateurs permettent souvent de faire la traduction automatique du site.

Différences :
– Plus de visuels apparents sur Lifegate et Onezoom.
– Groupes emboîtés sur Lifegate (aussi sur Lifemap mais moins visibles).
– Chemin visible de l’une des espèce à l’autre sur Lifemap et sur One Zoom.
– Pour Onezoom, la recherche des espèces peut se faire en français et en latin.
– Onezoom permet d’identifier l’ampleur du risque d’extinction des espèces grâce au statut de conservation UICN. L’occasion se présente alors d’ouvrir la discussion sur la crise actuelle de la biodiversité.

Handi-accessibilité
Possibilité de zoomer

Focus sur l’outil Life map

Lifemap est accessible via le lien suivant : Lifemap
Lifemap est un arbre phylogénétique buissonnant. Il permet d’identifier la place de chaque espèce au sein de l’arbre du vivant ainsi que de tracer le "chemin" d’une espèce à l’autre pour identifier la place de l’ancêtre en commun et le groupe partagé.

Avantages / Plus-values :
– Outil assez intuitif pour son utilisation.
– Représentation en arbre buissonnant.
– Informations sur les groupes de parenté.
– Intégralité de l’arbre du vivant pour montrer l’importante biodiversité.
– Possibilité de rechercher et de visualiser des « chemins » dans l’arbre, pour identifier l’ancêtre commun le plus récent de deux espèces particulières ou pour suivre le trajet reliant une espèce donnée au dernier ancêtre universel (LUCA).
– Une version application est disponible sur Android et Apple store (pour une utilisation possible sans connexion internet) où les noms d’espèces peuvent être recherchés en Français.

Points de vigilance :
– Pour rechercher les espèces, il faut utiliser les noms latins (cela nécessite de prévoir les espèces à l’avance ou de proposer une banque de noms) sauf sur la version application.
– L’origine de l’arbre représente l’univers (le nom LUCA n’est pas précisé).
– Demande de préparer une fiche-outil pour se repérer plus facilement (notamment pour les nœuds).
– La richesse des espèces et groupes présentés peut rendre difficile la recherche des espèces ou la compréhension/visualisation des groupes communs.
– S’assurer du bon fonctionnement sur tablette, en amont de la séance.

Focus sur l’outil : Life gate

Lifegate est accessible via le lien suivant : Lifegate
LifeGate est une carte phylogénétique bidimensionnelle interactive. Cette carte met en avant la richesse de la biodiversité terrestre et les liens de parenté entre les millions d’espèces connues.

Avantages / Plus-values :
– De nombreuses photos : outil attractif et ludique.
– Identification rapide des espèces les plus proches.
– Clades plus riches = une plus grande surface. La surface d’un groupe taxonomique est relative au nombre de ses espèces.
– Visuellement proche du système emboîté déjà étudié : permet une transition entre le système emboîté et l’arbre phylogénétique.
– Clique droit (ou un appui prolongé sur les appareils tactiles) : accès à la classification taxonomique et à l’arbre phylogénétique du groupe sélectionné.
– Tutoriel (en anglais) disponible sur Youtube : https://www.youtube.com/watch?v=qvheud5EypA&feature=youtu.be

Points de vigilance :
– Visuel chargé présentant de nombreuses informations simultanément.
– Classification en arbre phylogénétique non affichée sur le menu principal.
– Recherche des espèces à partir des noms latins ou des noms communs anglais et allemands.
– Sur certains navigateurs (Google Chrome et Firefox), la traduction automatique de la page bloque la saisie des noms latins dans la barre de recherche.
– Impossibilité de tracer des « chemins » entre deux espèces.
– S’assurer du bon fonctionnement sur tablette, en amont de la séance.

Focus sur l’outil : One zoom

Onezoom est accessible via le lien suivant : Onezoom
Onezoom est une carte interactive présentant les liens de parenté entre les êtres vivants.
Dans cet arbre de vie interactif, il est possible d’explorer les relations de parenté et d’obtenir de nombreuses informations sur chaque espèce.

Avantages / Plus-values :
– Recherche d’une espèce avec le nom commun et le nom latin.
– Datation du dernier ancêtre commun à un ensemble d’espèces visible à chaque nœud.
– Possibilité de modifier le visuel de l’arbre dans les paramètres. Forme « POLYTOMIE » = visuel le plus proche de l’arbre phylogénétique.
– Clique droit = Accès à la page Wikipédia de l’espèce, à la page sur l’encyclopédie de la vie, à la carte de répartition géographique et accès à la liste rouge établie par l’UICN.
– Possibilité de tracer un « chemin d’accès » d’une espèce à une autre et localiser le dernier ancêtre commun aux deux espèces sur l’arbre .
– Identification du statut de conservation UICN de l’espèce grâce à un code couleur des feuilles. (L’Union Internationale pour la Conservation de la Nature a été créé en 1948 à Fontainebleau).

Points de vigilance :
– Ne met pas en évidence l’aspect buissonnant de l’arbre de vie.
– La forme « fougère » ou « naturel » laisse penser à un degrés d’évolution plus ou moins important des espèces en plaçant certaines d’entre elles en haut de l’arbre et d’autres à la base.
– S’assurer du bon fonctionnement sur tablette, en amont de la séance.

Pistes d’exploitation

Niveau	Thème	Connaissances visées
Cycle 3	Le vivant, sa diversité et les fonctions qui le caractérisent	Classification du vivant (Mettre en relation différents types de classification des êtres vivants (utilitaire, écologique, phylogénétique, etc.) et les objectifs de chacun ; Classer et établir des parentés à partir de collections d’espèces appartenant à différentes branches de l’arbre du vivant, en utilisant notamment des bases de données numériques ; Lire et interpréter des arbres de parenté simples
Cycle 4	Le vivant et son évolution	Établir des relations de causalité entre différents faits pour expliquer la classification du vivant, l’évolution des êtres vivants ; Relier l’étude des relation de parenté entre les êtres vivants, et l’évolution (Caractères partagés et classification ; Les grands groupes d’êtres vivants, dont Homo sapiens, leur parenté et leur évolution)

Quelques ressources sur la classification phylogénétique du vivant

Pour l’enseignant : La classification du vivant, mode d’emploi | Planet-Vie (ens.fr)
https://planet-vie.ens.fr/thematiques/evolution/classification-phylogenie/la-classification-du-vivant-mode-d-emploi

Pour aider à la transition du système emboîté vers l’arbre phylogénétique :
http://www.cite-sciences.fr/juniors/darwin-galapagos/classification-emboitee-des-animaux.html
http://tolweb.org/tree/
https://www.catalogueoflife.org/