Visualisation multiple avec Libmol.org

Banque de données support numérique tice molécule Indifférent

Mis à jour le mardi 27 juin 2023 , par Mélanie Fenaert

Libmol.org est un logiciel de visualisation moléculaire libre et gratuit, à la prise en main aisée pour les élèves, créé par Paul Pillot. Il en existe une version en ligne et une autre téléchargeable. Ses fonctionnalités sont décrites dans cet article : Libmol.org, nouvelle application de visualisation de molécules, alternative à RasTop.

Cependant, une fonctionnalité de RasTop intéressante pédagogiquement, la visualisation « en cascade » ou en fenêtres multiples, n’a pas été développée pour l’instant. Il est pourtant important pour les élèves de pouvoir comparer les structures moléculaires en les plaçant côte à côte, par exemple en Seconde pour distinguer les éléments chimiques du vivant de ceux du monde minéral, ou encore en Première S pour comprendre la structure des acides aminés.

Pour pallier à ce manque, plusieurs possibilités s’offrent à l’enseignant avec la version en ligne, au delà de simplement proposer aux élèves d’ouvrir plusieurs fenêtres du navigateur, y taper à chaque fois l’adresse du site, redimensionner et placer les fenêtres les unes à côté des autres.

Utiliser une visionneuse en ligne intégrant plusieurs fenêtres Libmol

Nous vous proposons cette interface utilisable en ligne, permettant d’afficher au choix 1 à 4 molécules dans la même page.
Attention : L’interface fonctionne de manière optimale avec Mozilla Firefox.

Lien d’accès : https://view.genial.ly/5a05bb3421cf3624787045d3

Voici un lien court et un QR-code à fournir pour utilisation sur tablette :
http://opn.to/a/8ziaa

L’outil est intégrable dans la plupart des ENT ou dans une plate-forme Moodle comme Éléa, grâce à cette ligne de code :

<iframe frameborder="0" width="1200pxpx" height="675pxpx" style="position: absolute; top: 0; left: 0; width: 100%; height: 100%;" src="https://view.genial.ly/5a05bb3421cf3624787045d3" type="text/html" allowscriptaccess="always" allowfullscreen="true" scrolling="yes" allownetworking="all"></iframe>

Utiliser une interface web

Cette interface a été proposée par Philippe Cosentino, de l’académie de Nice, pour comparer deux molécules.

Pour comparer deux autres molécules, il faudra rechercher le code de ces molécules et modifier une partie de l’adresse : pdb1=(suivi du code de la 1ère molécule)& pdb2=(suivi du code la 2ème molécule).

Où trouver ces codes ?

  • Il y a d’un côté la banque de macromolécules avec des codes à 4 caractères, par exemple en fouillant dans la Protein Data Bank.
  • Il y a aussi le « Chemical component dictionary » qui donne accès à tous les résidus et petites molécules existant dans les fichiers PDB. Ce sont les mêmes identifiants que ceux que l’on peut utiliser pour sélectionner un résidu : ALA, GLY, DA, A, HEM, etc… Pour les rechercher, on peut passer par cette page et choisir l’onglet « Name/Identifier ».
  • Vous trouverez aussi directement ces codes dans Libmol, en haut à gauche de la fenêtre quand s’affiche votre molécule.

Merci à Paul Pillot pour ces précisions !

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