Un modèle moléculaire complet d’association anticorps-antigène est visualisable à l’adresse suivante :
http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/lycee/gutjahr/molec3D/molec3d/sida/sida08.htm
Le fichier correspondant (p24_1e6j.pdb) peut être téléchargé en même temps qu’une très grosse librairie de molécules à l’adresse :
http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/lycee/gutjahr/molec3D/serveur_molec3d/molec3d.zip

Même s’il s’agit d’un modèle théorique, il complète avantageusement les ressources jusqu’alors disponibles en terme de modèles moléculaires de complexes immuns et limitées, pour la partie anticorps, aux fragments Fab.
L’assemblage moléculaire représente un anticorps anti-protéine p24, lié par ses deux extrémités (branches du Y) à deux protéines p24. Il permet donc de rendre bien concrètes différentes notions : forme de Y de la molécule d’anticorps ; existence de deux sites de reconnaissance et de fixation de l’antigène, chacun à une extrémité des branches du Y ; identicité de ces deux sites.
A l’instar de tout fichier « .pdb », ce modèle moléculaire peut s’ouvrir avec les outils classiques comme Jmol ou bien Rastop.