Voir aussi Comparer des séquences d'ADN ou d'ARN

Placer le gel dans la cuve sans le casser, bien parallèlement aux côtés de la cuve, les puits devant être du côté de la cathode (borne négative).

Verser le tampon TBE dans les deux compartiments de la cuve, le gel doit être tout juste recouvert (environ 1mm au dessus du gel).

Déposer avec une micropipette les solutions d'ADN dans les puits sans débordement. ATTENTION Il faut réaliser les dépôts en stabilisant le mouvement pour ne pas percer le fond du puits.

Mettre sous tension pendant un temps déterminé (il faut arrêter la migration avant que les molécules n'atteignent l'extrêmité du support).

Image : Schémathèque SVT de l'académie de Dijon

Vérifier le bon déroulement de l'électrophorèse : de la buée doit apparaître sur le couvercle dans les cinq premières minutes si le générateur et la cuve sont bien alimentés.

Révéler ensuite les molécules en plongeant le gel dans du bleu de toluidine, puis rincer le gel dans l'eau distillée.