Mettre en oeuvre un protocolePour afficher des modèles moléculaires
Utilisation du logiciel Rastop
Ouverture d'un fichier
Utiliser la commande 1, ouvrir le fichier demandé en suivant le chemin d’accès.
Visualisation d'une molécule
Choix d’un mode de représentation: utiliser au choix l’une des commandes 2 .
Les atomes sont colorés de manière conventionnelle : gris clair = Carbone(C) ; rouge = Oxygène (O); bleu clair = Azote (N) et orange = Phosphore (P) [H l’hydrogène n’est pas représentée].
Manipulation de l’image de la molécule : cliquer dans l’écran noir avec le bouton gauche de la souris et sans relâcher la pression sur ce bouton, déplacer lentement la souris : vers la gauche ou la droite pour tourner autour de l’axe des y, vers le haut ou le bas pour tourner autour de l’axe des x.
Zoom avant ou arrière : soit en cliquant sur le bouton trans./zoom puis en bougeant le curseur des z ; soit avec la souris en maintenant la touche Maj. appuyée.
Mise en évidence de la constitution d'une molécule
Coloration des constituants : Utiliser la commande 3, puis « colorer par » puis choisir dans la liste.
Coloration des liaisons : Utiliser la commande 4 puis « liaisons hydrogène » et « afficher » ou « ponts disulfure » et « afficher ».
Informations sur la séquence : Chaque élément d’une séquence est symbolisé par une ou plusieurs lettres suivies d’un numéro correspondant à sa place. Il faut lire les informations :
- soit au bas de l’écran dans la zone nommée « res » Dans l’exemple présenté ci-dessous,, l’élément considéré est la Thymine placée en 20° position dans la chaîne B de la molécule 1D29 (ADN)
- Soit en utilisant la commande 6 puis « séquence »
Mise en évidence d'une partie de la molécule
Sélection du motif qu’on souhaite faire ressortir : utiliser la commande Expression : bouton 6Taper ce qu’on souhaite mettre en valeur, par exemple :
26-28 : signifie que vous sélectionnez les acides aminés 26 à 28 de la séquence de la chaîne polypeptidique constituant la molécule
hem, ce qui signifie que vous sélectionnez simplement l'hème
à partir de là, tous les traitements demandés ne s’appliqueront qu’aux constituants du motif venant d’être sélectionné
Coloration des atomes sélectionnés : Ouvrir la Palette 5, choisir Atomes dans le menu déroulant de la fenêtre Colorer puis choisir à la souris la couleur demandée
Choix d’un mode de représentation de la sélection : voir ci-dessus