Autour de 1875, Robert Koch observe au microscope les bacilles dans le sang de mouton morts, montre que les bâtonnets sont la cause de la maladie, établit la capacité de la bactérie du charbon à former des spores, ce qui peut la rendre très résistante et trouve un milieu de culture pour la bactérie. Si on y regarde de plus près, Louis Pasteur avait déjà vu les spores dès 1861 chez d’autres bactéries. Ces spores permettent aux bactéries de survivre d’une année sur l’autre dans les champs où vont les moutons, même si les conditions climatiques sont difficiles.Dans ses expériences, Koch n’a réalisé que des dilutions limitées et ses résultats n’excluent pas pour Pasteur que l’agent de la maladie soit un élément autre que la bactérie contenue dans le sang des animaux malades. Pasteur réalise donc les mêmes expériences, mais avec un facteur de dilution très élevé et fait la même démonstration que Koch. Il affirme aussi que ce sont les vers de terre qui ramènent à la surface du sol les bactéries.
