Présentation
Dans les années 70, la découverte des nucléases de restriction, purifiées à partir de bactéries, fit entrevoir une solution à la difficile recherche des gènes. En effet, ces enzymes coupent la double hélice d'ADN au niveau de sites spécifiques définis par une séquence nucléotidique particulière.

Un grand nombre de bactéries fabriquent des nucléases de restriction pour se protéger des virus. Les séquences bactériennes sont protégées de l'action des enzymes de restriction par méthylation des Adénine et des Cytosine alors que les séquences virales non méthylées sont coupées.

Les séquences reconnues
La longueur des séquences reconnues est comprise entre 4 et 8 bases. Pour certaines enzymes, la spécificité au niveau de l'une ou plusieurs des bases peut ne pas être absolue. La séquence reconnue est le plus souvent palindromique (identique sur les deux brins).

Les coupures
Les coupures à bout franc. L'enzyme coupe exactement au même endroit sur les deux brins.
Certaines nucléases produisent des coupures en zigzag qui laissent des extrémités monocaténaires ou cohésives.

Le traitement d'une région génétique particulière par un mélange de différents enzymes de restriction produit des fragments de tailles différentes dont l'ensemble forme la carte de restriction de cette région.